Với mục tiêu trở thành trường đại học nghiên cứu chất lượng cao vào năm 2015, trường ĐHQT luôn chú trọng đến những việc thúc đẩy hoạt động nghiên cứu khoa học (NCKH) phù hợp và thỏa mãn nhu cầu công nghiệp và xã hội của đất nước.
Ngay từ khi thành lập, trường ĐHQT đã đề ra và thực hiện những chính sách khuyến khích nghiên cứu khoa học cho giảng viên và nghiên cứu viên:
- Thu hút nhân tài thông qua cơ chế ưu đãi về lương bổng và thời gian nghiên cứu;
- Khen thưởng cho những thành tích NCKH như thưởng cho những bài báo vượt yêu cầu (31.551.000 Đồng (tương đương 1.500USD)/bài báo quốc tế, 15.775.000 Đồng (tương đương 750USD)/bài báo trong nước), giải thưởng Đơn vị nghiên cứu, Đơn vị chuyển giao công nghệ của năm,...
- Hỗ trợ tìm nguồn tài trợ NCKH từ ngân sách nhà nước, doanh nghiệp và từ những tổ chức trong và ngoài nước.
Sau 7 năm thành lập, trường ĐHQT đã và đang thực hiện đúng đắn những sứ mệnh của mình bằng những thành quả NCKH ban đầu như sau:
- Trường đã tạo được một môi trường giảng dạy và nghiên cứu khoa học, đã thu hút về ngày càng đông các giáo sư, tiến sĩ đầu ngành, có năng lực nghiên cứu xuất sắc và có kinh nghiệm từ các trường đại học danh tiếng trên thế giới. Hiện nay, tỉ lệ giảng viên có trình độ tiến sĩ chiếm hơn 50%.
- Trường đã đầu tư xây dựng và mở rộng hơn 14 phòng thí nghiệm hiện đại trong các lĩnh vực như Sinh học phân tử, Công nghệ Protein, Kỹ thuật Y sinh, Thiết kế mạch tích hợp, Hệ thống nhúng, Vật lý-Vi điện cơ,...phục vụ cho công tác giảng dạy và nghiên cứu.
- Trường đã hình thành các nhóm nghiên cứu mạnh nhằm củng cố, tăng cường và đa dạng hóa các loại hình nghiên cứu. Số bài báo quốc tế thuộc hệ thống ISI ở các lĩnh vực Toán, Lý, Công nghệ Sinh học, Kỹ thuật Y Sinh, Điện tử Viễn thông, Kỹ thuật Máy tính đã tăng dần, đạt tỉ lệ số bài báo quốc tế/giảng viên là 0,77. Số lượng, cấp độ và kinh phí đề tài đã tăng mạnh. Năm 2010, kinh phí NCKH đạt gần 5 tỉ đồng. Đặc biệt, trường đã chú trọng hướng nghiên cứu ứng dụng về Điều khiển giao thông bằng hệ thống viễn thông, thiết lập hệ thống quản lý ô nhiễm môi trường nước, nghiên cứu biến đổi khí hậu,…nhằm giải quyết kịp thời các vấn đề cấp bách của xã hội, phát triển kinh tế của địa phương và cả nước.